ffmpeg имеет два флага, которые могут быть у нас: -t, который задает продолжительность целевого файла, и -ss, который задает точку, с которой вы начинаете чтение во входном файле.
Итак:
ffmpeg -t 2 -i input.mp3 output.mp3
ffmpeg -ss 2 -t 2 -i input.mp3 output2.mp3
Создает два файла - один, который содержит первые две секунды для input.mp3, и второй, который содержит две секунды для input.mp3, начиная с 2 секунд (т.е. вторые две секунды ...).
Сочетания этого, вероятно, могут быть достигнуты, чтобы получить то, что вы хотите из файла.