Не рассчитывайте на (нестандартную для браузера) вещь, которая происходит, когда вы устанавливаете местоположение окна в текущее местоположение.Проверьте, соответствует ли местоположение вашему регулярному выражению, прежде чем заменить его.И используйте location.replace, чтобы избежать установки записи в истории браузера.
var re = /%3B/g;
if (re.test(window.location.href)) {
window.location.replace(window.location.href.replace(re,'%21'));
}