Python или Java. Они оба просты в развертывании как в серверных средах, так и в настольных средах, о которых вы упомянули, т. Е. В Linux / Solaris и Windows.
Perl также хороший выбор, но это зависит от того, насколько хорошо вы знаете Perl, насколько хорошо другие люди, которые будут поддерживать ваш код, знают Perl, и от числа пользователей настольных компьютеров, которые достаточно опытны, чтобы справиться с установкой версии Perl для Windows (с).
Поскольку Java поддерживает Python через Jython, я бы сам выполнил требование JVM, но лично я бы использовал Java-приложение полностью для такой системы, которую вы описываете.