Примерно так должно работать:
var di = new DirectoryInfo(@"\\192.168.1.10\e$");
var dirs = di.EnumerateDirectories()
.Where(d=> !excl.Any(e=>d.FullName.ToLowerInvariant().Contains(e)));
Я бы подумал о ваших критериях исключения - хотите ли вы исключить все каталоги, которые содержат вашу строку исключения, или только каталоги, имена которых соответствуют элементу исключения?
Также, чтобы сделать это быстрее, вы можете создать HashSet<string>
из списка исключений и использовать его.