tar подойдет.gzip предназначен для сжатия одного файла, zip не сохранит временные метки каталога.
EDIT: образец.
tar jcpf backup.tbz2 thedir
rm -rf thedir
tar jxpf backup.tbz2
временные метки сохранены.
EDIT2:
cygwin tar
правильно сохраняет временные метки.Протестировано с tar jcf
на cygwin, tar jxf
на linux.
EDIT3: WinRar сохраняет временные метки каталогов, linux unrar
восстанавливает их должным образом.