Учитывая ваш комментарий о попытке обработки зависимостей, я бы сосредоточился на том, какие библиотеки вы используете. Зная это, вы будете знать, какие банки должны быть на пути к классам, и вы можете обратить на это внимание. Существуют также компоновщики управления зависимостями (Maven и Ant являются двумя популярными), которые могут упаковывать проекты с их зависимостями внутри. Однако, в конце концов, разработчик должен знать, какие у него зависимости, и обратить внимание на требования к этим зависимостям. Это одна из причин, по которой использование среды IDE, такой как Eclipse, и инструментов сборки, таких как Maven или Ant, настолько хороши в больших проектах, например, когда у вас есть 20 зависимостей для проекта, это может стать довольно неуправляемым.