Я решил это быстрое и грязное решение, ударившись головой о неспособность протокола JMX проложить туннель через ssh.
(1) нашел какую-то вещь jmxterm, (2) вставил в нее простую команду (запускает операцию MBean) (после изучения того, что JConsole сделала при подключении к локальному tomcat ..) и (3) отформатировал ее во что-то читаемое.
#!/bin/bash
# wget http://downloads.sourceforge.net/cyclops-group/jmxterm-1.0-alpha-4-uber.jar
JARFILE="jmxterm-1.0-alpha-4-uber.jar"
JMXHOST=127.0.0.1
JMXPORT=9003
function die() { echo $1 ; exit 1 ; }
function checkexe() { [ -x `which $1` ] || die "cant find executable program $1" ; }
PROGS="java grep cat sed tr xsltproc xmllint"
for P in $PROGS ; do checkexe $P ; done
[ -f $JARFILE ] || die "can't see jar file $JARFILE"
## jmxterm commands to get thread stack dump
cat >/tmp/myscript.jmx<<EOF
domain java.lang
bean java.lang:type=Threading
run dumpAllThreads 1 1
quit
EOF
## get the stack traces
java -jar $JARFILE -l $JMXHOST:$JMXPORT -i /tmp/myscript.jmx > /tmp/allthreads.txt
grep "threadId" /tmp/allthreads.txt || die "stack trace get seemed to fail ?!"
## turn them into xml
cat /tmp/allthreads.txt | \
sed \
-e "s|\[ |<array>|g" -e "s| \]|</array>|g" \
-e "s|{|<obj>|g" -e "s|}|</obj>|g" \
-e "s|\([^ <>]*\) = \([^ <>]*\);|<\1>\2</\1>|g" \
-e "s|\([^ ]*\) = \([^;]*\) *;|<\1>\2</\1>|g" | \
tr '\r\n\t' ' ' | tr -s ' ' | \
sed \
-e "s|\([^ =]*\) = \([^;=]*\);|<\1>\2</\1>|g" \
-e "s|\([^ ]*\) = \([^;]*\);|<\1>\2</\1>|g"\
-e "s| *, *||g" > /tmp/allthreads.xml
## xsl to convert xml-ified stack traces to simpler format
cat >/tmp/jmxterm_threads.xslt<<EOF
<?xml version="1.0"?>
<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">
<xsl:output method="xml" indent="yes"/>
<xsl:template match="/">
<jmx>
<xsl:for-each select="/array/obj">
<xsl:sort select="threadId" data-type="number"/>
<xsl:apply-templates select="." mode="thread"/>
</xsl:for-each>
</jmx>
</xsl:template>
<xsl:template match="obj" mode="thread">
<thread id="{threadId/text()}">
<xsl:copy-of select="threadName"/>
<xsl:copy-of select="threadState"/>
<xsl:copy-of select="suspended"/>
<xsl:copy-of select="inNative"/>
<xsl:copy-of select="waitedCount"/>
<xsl:copy-of select="blockedCount"/>
<xsl:apply-templates select="stackTrace"/>
</thread>
</xsl:template>
<xsl:template match="stackTrace">
<stackTrace>
<xsl:for-each select="./array/obj">
<stackfn class="{className}" method="{methodName}" file="{fileName}" line="{lineNumber}"/>
</xsl:for-each>
</stackTrace>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
EOF
## simplify xml
xsltproc /tmp/jmxterm_threads.xslt /tmp/allthreads.xml | xmllint --format - > /tmp/allthreads_simple.xml
cat /tmp/allthreads_simple.xml