JES не является известным аббревиатурой для Java Enterprise Server. JES раньше был Sun "Java Enterprise System", которая представляла собой набор различных серверов, включая сервер приложений (Sun Java System Application Server). SJSAS позже был переименован в Glassfish, поэтому ваш архитектор, вероятно, просто использует более старую версию того, что сейчас известно как Glassfish.
В противном случае веб-сервер JES тоже оказался своего рода сервером приложений (точнее, контейнером сервлетов, таким как tomcat), так что это может быть то, что он назвал JES.