Я скачал Netbeans с Glassfish и установил его.
Должен ли я загрузить Java EE с сайта Sun?
Нет, вам не нужно ... Все, что вам нужно, входит в комплект netbeans + glassfish ...
J2EE (теперь Java EE) - это спецификация. Glassfish - сервер, который реализует спецификацию.