Пусть документ PDF загружается. Как только документ будет готов, введите Javascript.
Однако обратите внимание, что Javascript, исполняемый вашим браузером, отличается от Javascript, выполняемого плагином Adobe Reader для вашего браузера. Структура похожа, но DOM совершенно другой.
Кроме того, Javascript в вашем HTML-документе не может напрямую получить доступ / изменить DOM загруженного PDF-документа. Для этого вам нужно будет пройти через плагин Reader. Извините, я не использовал плагин для чтения таким образом. Посмотрите на API:
http://www.adobe.com/devnet/acrobat/pdfs/js_api_reference.pdf
, а также прочитайте это руководство:
http://www.adobe.com/devnet/acrobat/pdfs/Acro6JSGuide.pdf
Это может быть вашим лучшим выбором, потому что очень немногие на SO, похоже, работают над Javascript для pdf. Я задавал несколько вопросов раньше, но не получил никаких ответов: (