Вы можете определить системные шкафы, посмотрев на их создателя. Имя создателя совпадает с именем вашей базы документов. Если вы хотите скрыть шкафы от пользователей, вы можете сделать это, установив для атрибута a_is_hidden значение true. Вы можете сделать это либо с помощью dql, api, либо из диалога свойств в DA.