Если вы работаете на управляемом языке, то компиляция в AnyCPU должна быть кроссплатформенной (64/32 бит), потому что сгенерированный IL не превращается в машинные инструкции до тех пор, пока код не будет JITted при запуске.
Существует очень мало исключений, когда вы можете получить битовые зависимости, если вы используете определенные конструкции, основанные на размере указателей и т. Д., Но они, как правило, не появляются в вашем коде, хотя это не помешает запустить FxCop поверх вашего кода, чтобы убедиться (в FxCop есть раздел, посвященный переносимости, который охватывает эти проблемы)