Используйте UINavigationController, который содержит только один ваш ViewController в качестве содержимого popoverController, например:
MyViewController *myVC = [[myViewController alloc] init];
UINavigationController *navCon = [[UINavigationController alloc] initWithRootViewController:myVC];
myPopoverController = [[UIPopoverController alloc] initWithContentViewController:navCon];
[myVC release];
[navCon release];
[myPopoverController presentPopoverFromRect:rect
inView:view
permittedArrowDirections:UIPopoverArrowDirectionRight
animated:YES];
Затем в инициализации вашего viewController установите элементы navigationController:
self.navigationItem.title = @"myTitle";
self.navigationItem.rightBarButtonItem = [[[UIBarButtonItem alloc] initWithBarButtonSystemItem:UIBarButtonSystemItemEdit target:self action:@selector(editButtonTapped:)] autorelease];
Вы можете сойти с ума и положить туда, что вы хотите:
self.navigationItem.titleView = [[MySpecialTitleView alloc] initWithFrame...];
Ваш навигационный контроллер не будет перемещаться, если в его стеке только один ViewController.
Предупреждение для iOS 7: навигационные панели внутри всплывающих окон, кажется, игнорируют оттенок в iOS 7. Я думаю, что это ошибка, и я советую вам подать в Apple отчет об ошибке, если вы столкнетесь с этой проблемой.