Storage-Model привязана к конкретному поставщику, что приведет к тому, что Entity Framework отклонит любые реализации DbConnection, которые не совместимы с указанным поставщиком.
Если вы посмотрите на строку подключения Entity Framework, вы увидите, что StorageSchema, ModelSchema и Mapping указываются в трех разных файлах (которые генерируются из вашего .edmx и затем внедряются в сборку). Вы можете разобрать ваш .edmx и встраивать .ssdl, .csdl и .msl самостоятельно, а затем создать другой .ssdl для SQL Server CE. Это в основном просто копирование и вставка, замена поставщика и некоторых типов столбцов.
Я писал здесь: Сравнение Entity Framework