Проблема из-за метки порядка байтов (BOM) в ваших файлах. Метка порядка байтов предназначена для файлов Юникода, чтобы сообщить процессору порядок байтов. Подробнее об этом можно прочитать здесь:
http://en.wikipedia.org/wiki/Byte_order_mark
Проблема в том, что Visual Studio добавляет эти метки в ваш CSS-файл, и когда вы объединяете их путем конкатенации, спецификации заканчиваются в середине текста, что приводит в замешательство.
Когда вы переходите в диалоговое окно «Сохранить как», вы можете развернуть кнопку «Сохранить», чтобы увидеть опцию «Сохранить с кодированием». Это предложит вам другую кодировку, и я думаю, что один из параметров Unicode пропустит спецификацию (где-то в списке UTF-8 без подписи).
Я не знаю, как настроить Visual Studio для использования определенной кодировки по умолчанию.
Чтобы обойти проблемы, я создал программу для объединения файлов, которые будут соответствовать спецификации. Я использую это, а не копировать, или Unix Cat.