Создайте файл с именем setup.py со следующим и поместите его в ту же папку, что и myscript.py.
from distutils.core import setup
import py2exe
import sip
setup(options={'py2exe':{'bundle_files': 1, 'compressed': True}},
windows=['myscript.py'], zipfile = None)
Из командной строки запустите:
setup.py py2exe