Предупреждение возникает из-за небольшой ошибки в описании системы координат (говорят "grid_mapping" в ncdf). Он имеет standard_parallel = 50 50
вместо standard_parallel = 50
. Вы можете игнорировать предупреждение. В будущих версиях это уйдет. В этом случае вы можете исправить CRS, установив его так:
crs(data) <- "+proj=lcc +x_0=5632642.22547 +y_0=4612545.65137 +lat_0=50 +lon_0=-107 +lat_1=50"