Насколько я понимаю, метафайл не содержит информации для фона - он просто прозрачен.
Простой обходной путь - просто закрасить фон тем цветом, который вам нужен.
например. Приведенный ниже код создает растровое изображение того же размера, что и исходное изображение, рисует фон белым, а затем рисует изображение метафайла поверх фона.
Rectangle imageRect = new Rectangle(0, 0, originalImage.Width, originalImage.Height);
Bitmap newImage = new Bitmap(originalImage.Width, originalImage.Height);
Graphics g = Graphics.FromImage(newImage );
g.FillRectangle(new SolidBrush(Color.White), imageRect);
g.DrawImage(originalImage, new Point(0, 0));