Выделение генов, общих с именами - PullRequest
0 голосов
/ 06 мая 2019

У меня есть пустая матрица, в которой гены находятся в столбцах, а образцы в строках, например

> head(empty_matrix[,1:4])
      TP53 CDKN2A KRAS MYC
t_005   NA     NA   NA  NA
o_005   NA     NA   NA  NA
t_013   NA     NA   NA  NA
o_013   NA     NA   NA  NA
o_021   NA     NA   NA  NA
o_036   NA     NA   NA  NA
>                   

Для каждого образца у меня есть список генов; Например, для образца t_005 у меня есть эти гены, которые я хочу выделить, какие существуют в названиях моей пустой матрицы

LRRK2
NAV3
PCDH17
AXIN1
ZFHX3
TP53
SMAD4
CCDC102B
STK11
SCN3A
CHL1
CTNNB1
EPHA3
SLIT2
FBXW7
ARID1B
EGFR
ABCB1
CDK6
BRAF
KCNQ3

Если в столбцах моей матрицы существует ген, я хочу написать MUT; для этого; Например, для образца t_005 если у меня есть ген TP53 Я хочу написать MUT; в столбце соответствуют гену TP53 и образцу t_005 , потому что TP53 существует в названиях моей матрицы. Я не знаю, как сделай это

1 Ответ

1 голос
/ 06 мая 2019

https://www.biostars.org/p/305509/ В этом посте я нашел ответ

...