Я никогда не использовал cruisecontrol.net, но в cruisecontrol мы используем задачу «modifyset», чтобы указать только папки, изменения которых должны опрашиваться сборкой с непрерывной интеграцией. Я не знаю, есть ли эквивалент в cc.net, хотя.
Но если вам действительно нужно, чтобы DLLS был включен в систему контроля версий, вы можете хранить двоичные файлы отдельно в другой ветке (или даже в отдельном репозитории «package», если можете себе это позволить). Затем проекты сборки можно настроить на использование отдельных рабочих пространств для каждой ветви. Например, проект CI, настроенный на получение изменений из изменений TRUNK, будет полностью игнорировать изменения, сделанные в других ветвях. Это позволит избежать сборок, вызванных изменениями в вашей ветке DLL.