Я пытаюсь запустить приложение Java (beagle2vcf) из R.
Я пытался с system(), но никакие прогоны не выполняются, только помощь функции возвращается в консоли R.Но когда я копирую ту же команду в мою консоль cmd, выполняется запуск.
Затем я пытаюсь использовать system2() и создается только вывод в консоли, но мне нужен файл в моей файловой системе.
Я использую параметр stdout, но это, похоже, не работает.
Возможно, играет роль тот факт, что приложение Java использует ">output" для генерации файлов?Другие приложения Java, у которых нет этого синтаксиса для вывода результатов, работают нормально с system().
Пример команды с использованием system():
"java -jar beagle2vcf.jar 1 OneChrom.markers beagleTrain.bgl NA Chrom1Train.vcf"
Пример system2 вызов:
system2(command="java",args=c("-jar","beagle2vcf.jar", j,"OneChrom.markers","beagleTrain.bgl","NA"),stdout=outnameTrainVCF,invisible=TRUE)
Я запускаю R3.5.0 на компьютере с Windows 10
Вывод должен быть vcf-файлом в моей файловой системе.