У меня работает следующее:
system("Rscript -e 'Sys.sleep(5); \"task 1\"'", wait=FALSE)
system("Rscript -e 'Sys.sleep(7); \"task 2\"'", wait=TRUE)
[1] "task 1"
[1] "task 2"
Версия с system2()
(благодаря комментарию HenrikB):
system2("Rscript", args = c("-e", "'Sys.sleep(5); \"task 1\"'"), wait=FALSE)
system2("Rscript", args = c("-e", "'Sys.sleep(7); \"task 2\"'"), wait=TRUE)
[1] "task 1"
[1] "task 2"