У меня похожая ситуация, но я использую только первую строку для TableSorter. Вторая строка используется для фильтров выбора, поэтому я всегда хочу, чтобы она оставалась на строке 2. Помещение обеих строк, но создание ячеек второй строки вместо ячеек <th>
делает свое дело.
<table id="table" class="tablesorter">
<thead>
<tr>
<th title="Click to sort by ID ">ID</th>
<th title="Click to sort by Name ">Name</th>
<th title="Click to sort by Description ">Description</th>
</tr>
<tr>
<td><input type="text" name="org_id"/></td>
<td><input type="text" name="name"/></td>
<td><input type="text" name="business_desc"/></td>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr>
<td>Org 1</td>
<td>Org Name</td>
<td>Org Desc</td>
</tr>
</tbody>
</table>