Да, таблица будет доступна для выполнения запросов, пока вы выполняете MSCK REPAIR TABLE, это фоновый процесс. Запросы, выполняемые во время выполнения этой команды, будут видеть разные разделы, однако, поскольку разделы, которые обнаружит команда, будут добавляться по мере их обнаружения.
Имейте в виду, что запуск MSCK REPAIR TABLE является очень неэффективным процессом, поскольку во многих разделах он будет выполняться очень долго и не будет инкрементным. Это не имеет значения для производительности запросов, но если это займет много времени, оно будет занимать все больше и больше времени и, возможно, не будет жизнеспособной долгосрочной стратегией. Здесь, в StackOverflow, есть еще несколько вопросов, которые вы можете прочитать, чтобы найти другие стратегии для поддержания ваших таблиц в актуальном состоянии.