Вы можете сделать функцию что-то вроде
import readline
def raw_input_no_history():
input = raw_input()
readline.remove_history_item(readline.get_current_history_length()-1)
return input
и вызовите эту функцию вместо raw_input. Вам может не понадобиться минус 1 в зависимости от того, откуда вы звоните.