Сначала я бы попытался определить, действительно ли это ваше приложение или что-то еще.
Есть ли на коробке другие приложения, и если да, то они запускают какой-либо пакет около полуночи. Это может быть ситуация, когда ваше приложение страдает от нехватки ресурсов из-за других вещей, работающих на коробке или из-за потери пропускной способности.
Так было всегда или началось недавно. Если это новый взгляд, посмотрите, что изменилось на коробке в целом, а не только на вашем собственном приложении.