Как изменить вывод моего изображения COXPH, нарисованного cph.plot_covariate_groups - PullRequest
0 голосов
/ 11 апреля 2019

Я не знаю, как я могу изменить выходное изображение, предоставленное линиями жизни, так как я не знаком с "cph.plot_covariate_groups".К сожалению, здесь нет подробного описания по этой ссылке;https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/Survival%20Regression.html.

Что я ищу, так это (1) как сократить дни событий (ось X), я не хочу показывать такие длинные дни для кривой выживания.В идеале 4000 - это лучшее.(2) Также, если возможно, я бы хотел удалить базовую кривую выживания из моего изображения(3) Я также надеюсь, что смогу изменить цвет кривых выживания с оранжевого / синего на другие.

import pandas as pd
from lifelines import AalenAdditiveFitter, CoxPHFitter, KaplanMeierFitter

data =  pd.read_csv("cluster label.csv", index_col=0)
cph = CoxPHFitter()
cph.fit(data, duration_col="time", event_col="status")
cph.plot_covariate_groups('label', [0,1])

enter image description here

1 Ответ

0 голосов
/ 11 апреля 2019

Это все возможно. Информация о конкретных функциях и методах доступна на странице документов: https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/References.html

В частности: https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/lifelines.fitters.html#lifelines.fitters.coxph_fitter.CoxPHFitter.plot_covariate_groups

Так попробуйте это:

cph.plot_covariate_groups('label', [0,1], 
   plot_baseline=False, 
   cmap='coolwarm'
)
plt.xlim(0, 4000)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...