Руководство по CodeIgniter предполагает, что запуск CodeIgniter через командную строку возможен.
Они пишут следующий скрипт:
<?php
class Tools extends CI_Controller {
public function message($to = 'World')
{
echo "Hello {$to}!".PHP_EOL;
}
}
В свою очередь, они выполняют скрипт на сервере следующим образом:
$ cd /path/to/project;
$ php index.php tools message
Где инструменты обозначают контроллер и сообщают о действии.
Таким образом, в этом случае запись в crontab станет:
*/1 * * * * cd /path/to/project; php index.php tools message
А в случае, набросанном в вопросе:
*/1 * * * * cd /path/to/project; php index.php cron my_function
ИСТОЧНИК: https://www.codeigniter.com/user_guide/general/cli.html