Функция h5py.File выдает NameError для mpi4py - PullRequest
Новая
       47

Функция h5py.File выдает NameError для mpi4py

0 голосов
/ 17 июня 2019

Я использую h5py с mpi4py.Я читаю файл h5 как h5py.File(fname, 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD), но я получил ошибку NameError.

Я проверил исходный код, откуда возникла ошибка, и ему нужно h5py.h5.get_config().mpi, чтобы быть True, чтобы импортировать mpi4py.Но это установлено в Ложь.У меня установлен mpi4py, и он работает хорошо.

Проблемы начались, когда я обновил numpy, попытался вернуться к предыдущей версии, но это не решило проблему.До этого обновления у меня не было проблем с h5py

полная ошибка сообщения: 

  File "main.py", line 87, in <module>
    memory = H5_memory(MEM_SIZE, STATE_SHAPE , fname)
  File "/My/work/dir/memory.py", line 185, in __init__
    self.f = h5py.File(fname, 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
  File "/home/miniconda/envs/lib/python3.5/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 270, in __init__
    fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
  File "/hom/miniconda/envs/lib/python3.5/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 73, in make_fapl
    kwds.setdefault('info', mpi4py.MPI.Info())
NameError: name 'mpi4py' is not defined

Есть ли у вас какие-либо идеи о том, как решить эту проблему?Я не нашел ответа, который мог бы помочь мне в Интернете.

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 20 июня 2019

Глядя на документацию по установке для h5py, похоже, что установка распараллеленной версии библиотеки HDF5 с поддержкой MPI является вариантом, поэтому вы могли установить ее без этой опции или неправильно сконфигурировать переменную среды, такую ​​какHDF5_MPI=ON.

...