Попробуйте - он использует Query Builder (часть Codeigniter), поклонником которого я являюсь !!
$this->db->set('polygon','POLYGON(0 0,82 33,23 66,0 0)',false);
$this->db->where('id',1);
$this->db->update('profile');
Обратите внимание, что false
останавливает CI от цитирования / экранирования вашего запроса. Очевидно, что если вы принимаете предоставленную пользователем информацию там - тогда ее нужно будет проверить на наличие SQL-инъекций в другом месте или изменить этот запрос.