Только что нашел ответ в документации Epic, что для последующих версий Epic 2018 приложение должно добавить область запуска, чтобы получить разрешение на получение контекста запуска при запуске приложения из EHR.
Так что поменял мой параметр видимости
"scope": "launch patient/*.read openid profile online_access"