Это будет зависеть от того, как вы используете ваши скрипты. Это сценарии командной строки, CGI или что-то еще?
Если ваши сценарии вызываются из командной строки, вы можете использовать модуль типа GetOpt :: Long для работы с параметрами командной строки и использовать управляющую логику в вашем сценарии для изменения формата в зависимости от эти варианты.
В качестве альтернативы, вы можете попытаться обнаружить что-то в файле данных, что может указать вашему сценарию, какой формат использовать.
К сожалению, у меня недостаточно информации в вашем вопросе, чтобы дать больше, чем эти очень общие рекомендации. Если вам нужны более подробные сведения, обновите свой вопрос, чтобы сообщить нам, как выполняются ваши сценарии и как вы читаете и обрабатываете файлы данных.