не может воспроизвести без ваших данных, но похоже, что вы написали ==
вместо =
в последнем списке.Попробуйте:
summary_test <- list("Gender" =
list("Female" = ~ qwraps2::n_perc0(.mydata$sex == "F"),
"Male" = ~ qwraps2::n_perc0(.mydata$sex == "M")),
"Age" =
list("Mean" = ~ qwraps2::mean_sd(.mydata$age, denote_sd = "paren"),
"Comorbidities" =
list("HIV Positive" = ~ qwraps2::n_perc0(.mydata$hiv == 1),
"Type 2 Diabetes" = ~ qwraps2::n_perc0(.mydata$diabetes == 1)))
whole <- summary_table(mydata, summary_test)