Попробуйте это из командной строки. Это сработало для меня, когда я получил такое же сообщение об ошибке на Mac Mojave:
R CMD INSTALL sf_0.7-4.tar.gz --configure-args='-with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Versions/2.4/unix/bin/gdal-config -with-geos-config=/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3B/unix/bin/geos-config --with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/include --with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'
Вам нужно будет подтвердить местоположение gdal-config, geos-config, include и lib для PROJ. и ваши последние версии для каждой установки и файл .tar.gz. Я нашел похожую проблему и ответ здесь