Невозможно передать куки, но можно сделать беспроблемный вход в систему, если вы контролируете внутреннюю сторону. Можно реализовать схему авторизации, в которой вы генерируете недолговечный токен и передаете этот токен в параметре URL, который вы загружаете в SFSafariViewController, так, чтобы внутренняя сторона использовала его для запуска сеанса.
- приложение выдает запрос на генерацию токена, серверная часть генерирует его
- приложение открывает SFSafariViewController с токеном
- бэкэнд принимает токен и возвращает cookie
- веб-приложение может продолжаться, как если бы оно было зарегистрировано