В Python, когда вы используете функцию сортировки bedtools, хромосомы сортируются лексикографически, поэтому chr12 будет предшествовать chr9.Ни один из них не работает в синтаксисе Python.
Мой код выглядит следующим образом:
import pybedtools as bt
sites = bt.BedTool(input.bed).sort().merge(d=-1, c=5, o='sum').saveas('output.bed')