Не могли бы вы попробовать следующее. Это приведет к удалению дубликатов для всех файлов Input_file (даже один идентификатор входит в 1 organization_id, тогда он также не будет напечатан в другом разделе)
your_command | awk -v s1="'" 'BEGIN{OFS=","} /---/{flag=""} /organization_id/{flag=1;getline;next} flag && !a[$2]++{val=val?val OFS s1 $2 s1:s1 $2 s1} END{print val}'
В случае, если вам нужно напечатать идентификаторы (которые входят в 1 раздел и могут входить в другие разделы organization_id, попробуйте выполнить следующее):
your_command | awk -v s="'" 'BEGIN{OFS=","} /---/{print val;val=flag="";delete a} /organization_id/{flag=1;getline;next} flag && !a[$2]++{val=val?val OFS s1 $2 s1:s1 $2 s1} END{if(val){print val}}'