MySQL представила серверную утилиту, которая позволяет вам управлять несколькими экземплярами на удаленной машине. Я ищу аналогичный функционал для более ранних версий MySQL.
[1] http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/instance-manager.html
Я не знаком с диспетчером экземпляров, но с большим успехом я использовал phpMyAdmin в нескольких системах (в том числе на сервере с удаленным хостом). Он поддерживает MySQL 5.0 и 4.1.