Если вам не нужно отслеживать несколько целей одновременно, вы можете использовать один ObjectTracker с одним файлом WTO, который содержит две цели.
В Target Manager вы можете добавить второй объект в существующий проект, получив в результате файл WTO с двумя целями.
В Unity ObjectTrackable имеет события OnObjectRecognized и OnObjectLost, которые позволят вам различать, какая цель отслеживается в данный момент, поэтому вы можете включать / отключать дополнения по мере необходимости.