Это не отвечает на ваш конкретный вопрос, и я имею опыт работы с Windows, но если предположить, что в ESS это сложно, я просто упомяну:
Есть другие IDE, которые не испытывают затруднений при этом (например, Tinn-R, StatET). В частности, для одной из поддерживаемых в нескольких операционных системах взгляните на плагин StatET для Eclipse. Одна очень приятная особенность Eclipse - это то, что вы можете не только запускать команды на консоли за пределами IDE, но и одновременно запускать несколько консольных сеансов. Это позволяет легко сравнивать результаты рядом.
Само собой разумеется, это не имеет значения, если вам удобно использовать ESS.