Как активировать анаконду в среде R - PullRequest
Новая
       22

Как активировать анаконду в среде R

0 голосов
/ 25 апреля 2019

У меня в каталоге есть программа qiime2 https://qiime2.org /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1.В терминале Linux я запускаю source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1, чтобы запустить эту программу.

Я пытался сделать это в R studio как system('source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1'), но это выдает мне эту ошибку: sh: 1: activate: not found Warning message: In system('activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1') : error in running command

Есть ли способ активировать enaconda env в R или Rstudio?

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 25 апреля 2019

Да, есть несколько способов, которые я рекомендую изучить в сетчатом пакете, но в основном R Studio preview 1.2 способен "найти" ваши среды conda.

Мой предпочтительный способ: 

library(reticulate)
library(tidyverse)

# Seeing your enviroments
conda_list()

#Using it
conda_list()[[1]][1] %>% 
  use_condaenv(required = TRUE)

#Checking python

import platform
print(platform.python_version())

Ссылки

Сетка: https://rstudio.github.io/reticulate/

Мой блог: https://twosidesdata.netlify.com/2019/03/23/exploratory-data-analysis-basic-pandas-and-dplyr/#how-to-set-up-reticulate

0 голосов
/ 25 апреля 2019

Как правило, я не использую Rstudio, но из некоторых поисков я могу предложить вам попробовать, установив путь Python вместо активации среды с помощью активации Conda.

Вы можете выбрать, какой интерпретатор Python вы собираетесь использовать, и вот оно. 

    library(reticulate)    

    path_to_python <- "/anaconda3/envs/qiime2-2019.1/python"    

    use_python(path_to_python)

вот некоторые ответы на тот же тип вопроса:

1> https://stackoverflow.com/a/54813273/9071644

2> https://stackoverflow.com/a/45891929/9071644

3> https://stackoverflow.com/a/43411909/9071644

...