Из документов (выделено мое):
skimage.morphology.remove_small_objects(ar, min_size=64, connectivity=1, in_place=False)
Удалить объекты меньше указанного размера.
Ожидает, что ar будет массивом с помеченными объектами, и удалит объекты, размер которых меньше min_size. Если ar - bool, изображение сначала помечается. Это приводит к потенциально различному поведению массивов bool и 0-и-1.
import numpy as np
from skimage import io, morphology
import matplotlib.pyplot as plt
img = np.array([[255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255],
[255, 255, 0, 255, 0, 0, 0, 0, 255, 255, 255],
[255, 255, 255, 255, 0, 0, 0, 0, 255, 0, 0],
[255, 255, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[255, 255, 0, 0, 0, 0, 0, 255, 0, 0, 0],
[255, 255, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[255, 255, 255, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[255, 255, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[255, 255, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]])
arr = img > 0
cleaned = morphology.remove_small_objects(arr, min_size=2)
cleaned = morphology.remove_small_holes(cleaned, min_size=2)
fig, axs = plt.subplots(1, 2)
axs[0].imshow(img, cmap='gray')
axs[0].set_title('img')
axs[1].imshow(cleaned, cmap='gray')
axs[1].set_title('cleaned')
plt.show(fig)
![plot](https://i.stack.imgur.com/OR31p.png)