Да, наличие нескольких экземпляров Prometheus и Alertmanager, если они настроены правильно (например, иметь сетку для экземпляров Alertmanager, чтобы избежать дублирования предупреждений), является настройкой HA. Неважно, если это голый металл или в пределах набора реплик в k8s.
Я не использовал оператор Prometheus в CoreOS, но, насколько я могу судить, он настраивает сетку для нескольких экземпляров Alertmanager.
Примечание: это не имеет никакого отношения к масштабированию. Различные экземпляры Prom / AM предназначены для избыточности, они обеспечивают высокую доступность, но не позволяют всей установке обрабатывать больше метрик, чем какое-либо ограничение для отдельного экземпляра Prometheus.