Вы можете использовать один из следующих методов:
1) установить атрибут size
с помощью «small» или «mini»
<el-table :data="tableData" size="small">
2) используйте атрибут cell-style
для удаления отступов из ячеек и установки фиксированной высоты
<el-table :data="tableData" :cell-style="{padding: '0', height: '20px'}">
Вот полный список доступных опций: https://element.eleme.io/#/en-US/component/table#table-attributes