У меня была такая же проблема;Попробуйте сделать установку вручную, у меня это сработало.Сначала клонируйте его с помощью git:
git clone git://github.com/lepture/flask-wtf.git
Затем все, что вам нужно сделать, это запустить файл setup.py
в нем так:
python setup.py install