Консоль отладчика использует настройки шрифта, указанные в Настройки | Редактор | Цветовая схема | Консольный шрифт . Но рендеринг шрифтов отличается от других консолей, потому что отладчик использует JavaFX для пользовательского интерфейса, в то время как все другие части IDE используют разные технологии.
Сейчас мы работаем над улучшением рендеринга шрифтов для компонентов JavaFX. Связанный билет: WEB-38444