Чтобы исключить, вам нужен флаг -v
.
Попробуйте grep -Fvwf fileB fileA
. Убедитесь, что в конце файла B нет пустой строки.
$ cat fileA
600000002233199881|1000109668|2019-05-10|
600000002233199700|1000002681|2019-05-10|
600000002233199701|1000003390|2019-05-10|
$ cat fileB
1000002681
1000109668
$ grep -Fvwf fileB fileA
600000002233199701|1000003390|2019-05-10|
$