геодезическое расстояние на 3-й треугольной сетке с помощью scikit-fmm или gdist

Question

Я пытаюсь оценить матрицу геодезических расстояний в наборе данных TOSCA.Например, следующая 3d-сетка -

Я пробовал использовать две реализации Python.

1. Первая - scikit-fmm , который, кажется, вообще не работает с трехмерными структурами (я прав?), следовательно, не подходит для этой задачи.

2. Другой - gdist *Пакет 1016 *, который, к сожалению, работает на предоставленном ими примере с игрушкой, но не работает на моем меше, который содержит только 10 000 граней и 5000 вершин.
   При использовании библиотеки gdist у меня возникает следующая ошибка:

   Process finished with exit code 139 (interrupted by signal 11: SIGSEGV)
   --------CODE SNIPPET----------
   c = sio.loadmat('raw_data/TOSCA/cat0.mat')
   c = c['surface'][0][0]
   X = c[0]
   Y = c[1]
   Z = c[2]
   TRIV = c[3].astype(np.int32)
   vertices = np.array(zip(X, Y, Z)).astype(np.float64)
   vertices = np.reshape(vertices, (vertices.shape[0], 3))
   src = np.array([1], dtype=np.int32)
   trg = np.array([2], dtype=np.int32)
   
   np.random.shuffle(TRIV)
   
   a = gdist.compute_gdist(vertices,TRIV[:5000], source_indices = src, target_indices = trg)
   

Есть ли другое решение?Я неправильно использую gdist или scikit-fmm?