Вы почти убиваете идею иметь две ветви. Однако вы можете выбрать коммит для обеих веток (как вы уже знаете об этом).
Если изменения должны присутствовать в обеих ветвях (Feature и Master), каково было бы иметь две ветки вместо одной? Возможно, вы можете перенести все свои изменения в ветку Feature и объединить ее с мастером периодически / после тестирования (именно так большинство организаций уже работает, как только ветвь Feature протестирована и проверена).