Ваш алгоритм не учитывает размеры изображений с корабля.По крайней мере, не для всех случаев.
Вот пример с измененной процедурой обнаружения:
spaceshipImage = {};
spaceshipImage.height = 10;
spaceshipImage.width = 10;
alienImage = {};
alienImage.width = 20;
alienImage.height = 20;
ay = 50;
ax = 50;
spx = 70;
spy = 60;
var canvas = document.getElementById("canvas")
var context = canvas.getContext("2d");
context.fillStyle = "#ff0000"
context.fillRect(spx, spy, spaceshipImage.width, spaceshipImage.height)
context.fillStyle = "#00ff00"
context.fillRect(ax, ay, alienImage.width, alienImage.height)
if (spx + spaceshipImage.width >= ax && spx <= ax + alienImage.width && spy + spaceshipImage.height >= ay && spy <= ay + alienImage.height) {
console.log("hit");
}
<canvas id="canvas"></canvas>